Departemen Ilmu Hubungan Internasional (DIHI) mendirikan Program Studi Magister (S-2) Ilmu Hubungan Internasional pada tahun 2002. Pendirian ini bertujuan mengkaji lebih dalam isu-isu, konsep, dan kerangka empiris untuk memahami keterkaitan lintas bidang dalam diplomasi dan kebijakan luar negeri. Minat kajian pertama yang ditawarkan adalah Master of Arts in International Relations (MAIR).
Pada tahun 2007, Prodi Magister Ilmu HI UGM mengembangkan dua konsentrasi di bawah MAIR, yaitu Politik Internasional (PI) dan Kerja Sama Pembangunan Internasional (KPI). Kemudian pada tahun 2009, Prodi Magister Ilmu HI UGM mengembangkan konsentrasi baru, yaitu Studi Perdamaian Internasional (SPI). Pengembangan fokus kajian ini merupakan hasil kerja sama dengan United Nations University for Peace (UN-Peace) dan menjadi salah satu wujud internasionalisasi Prodi Magister Ilmu HI UGM.
Pada Tahun Ajaran 2012/2013, Prodi Magister Ilmu HI UGM membuka dua minat khusus baru, yaitu Global Humanitarian Diplomacy (GHD) yang mendalami kajian mengenai isu kemanusiaan dan Global Trade Diplomacy (GTD) yang fokus pada studi perdagangan dan pembangunan internasional. Terakhir, Prodi Magister DIHI UGM membuka minat khusus Digital Transformation and Competitiveness (DTC) mulai Tahun Ajaran 2022/2023 yang mendalami kajian tentang transformasi digital.
Dibukanya tiga minat khusus tersebut merupakan upaya pengelola Prodi Magister Ilmu HI UGM dalam mengembangkan nilai kompetensi lulusan agar unggul di masing-masing minat kajiannya dan mengedepankan kemampuan menganalisis, kemampuan mengembangkan kreativitas, serta mengomunikasikan analisis dan gagasannya di hadapan publik.
** Minat khusus GHD dan GTD tidak dibuka pada PMB Pascasarjana UGM Tahun Ajaran 2024/2025.